Auf den ersten Blick könnte man Flux für ein Mega Drive Spiel halten. Doch auch wenn sich in der Hülle ein Modul für den 16-Bitter befindet, so handelt es sich um ein Musikprogramm. Und das kann ausschließlich in Verbindung mit einem angeschlossenen Mega-CD verwendet werden. Mit Flux im Modulschacht können beim Abspielen von Musik CDs verschiedene optische Lichteffekte dargestellt werden, die sich im Takt der Musik verändern, drehen oder bewegen. Möglich wird dies durch den sehr geringen Widerstand, der zwischen dem Modul und der Mega-CD herrscht, um digitale Informationen zu übertragen. Diese Daten werden von Flux analysiert und anschließend visuell auf dem Bildschirm umgesetzt. Zwar sind die Darstellungen aufgrund der geringen Farbpalette des Mega Drives auf 16 Farben beschränkt, bieten aber mit 25 verschiedenen Effekten für nahezu jede Musikrichtung genau das Richtige. Zudem lassen sich die einzelnen Effekte in ihrer Empfindlichkeit individuell verändern. Sie passen sich also auch der Stimmung des Betrachters an. So reicht die Palette an Möglichkeiten von beruhigenden sanften Farbspielen bis hin zu aufmunternd rasanten Tunnelfahrten, die im Takt der Musik pulsieren.

Startet Flux, wird automatisch der erste Track der eingelegten CD abgespielt und das Titelbild erst wellenartig aufgebaut und schließlich in umherfliegende Mosaike zerlegt. Erst danach kann man selbst die Kontrolle übernehmen. Da für die Zeit der visuellen Effekte die Bedienoberfläche der Mega-CD nicht mehr zur Verfügung steht, funktioniert das Steuern der Musik-CD nur noch über die direkte Eingabe der Controller-Tasten des Mega Drive. Die C-Taste steht dabei für die Play- und Pause-Taste, während mittels B-Button die Wiedergabe gestoppt werden kann, um beispielsweise eine neue Musik-CD einzulegen. Ein Durchschalten der CD-Tracks ist mit dem Steuerkreuz möglich, wobei rechts und links für den nächsten und vorherigen Tracks stehen und mit oben und unten ein schneller Vor- und Rücklauf möglich ist. 

Mit gedrückt gehaltener A-Taste lassen sich mit den Richtungstasten die Effekte ansteuern, wo mit oben/unten auf dem Steuerkreuz deren Empfindlichkeit eingestellt wird. Bei der Standardeinstellung können mit rechts und links die Effekte gewechselt werden. All diese Dinge kann das Programm auch selbst erledigen. Wird der Start-Button betätigt, öffnet sich ein kleines Menü, das die Festlegung eines vorgegebenen Ablaufs sowohl bei den Musik-Tracks, als auch bei den Effekten erlaubt. Wie auch zuvor beim Programmieren des Mega-CD selbst, ist hier eine Zufallswiedergabe oder das Anzeigen der Gesamt- bzw. Restspielzeit möglich. Bei den Effekten kann zudem eingestellt werden, nach wie viel Sekunden (10 - 60 Sekunden; in 10er Schritten) immer der automatische Wechsel erfolgen soll. Wird die Start-Taste erneut gedrückt, kann eine kleine Show bestehend aus unter anderem im Takt erscheinenden Sätzen, Seismographen-Linien und umher schleudernde Pixel genossen werden.