Klein, eckig und in schwarz. Mit dem Master System Controller entstand eine sachte Weiterentwicklung des Mark III Controllers. Das Format blieb weitestgehend erhalten, ist aber eckiger, wobei die Form des Steuerkreuzes und die runden Buttons bestehen blieben. Der neue Controller ist nun, passend zur Konsole, komplett schwarz. Die Tasten bekamen mit den Ziffern [1] und [2] nun eine Bezeichnung. Button [1] dient dabei gleichzeitig als Starttaste. Lediglich der im Steuerkreuz direkt integrierte Joystick ist verschwunden. Das Steuerkreuz ist im Master System Controller allerdings noch nicht so, wie man ein Steuerkreuz in späteren Konsolengenerationen bezeichnen würde. Vielmehr handelt es sich um eine komplette flache Steuerebene in quadratischer Form, die Bewegungen in alle Himmelsrichtungen erlaubt. SEGA legte zudem das Verbindungskabel auf die Hinterseite des Controllers, das beim Mark III nach rechtsläufig aus dem Joypad kommt. Der Master System bzw. Mark III Controller setzt dabei – auch hinsichtlich der Unterschiede zueinander – Akzente im Vergleich zum Vorgänger SG-1000 II, dessen Controller noch ovale Tasten und ein rundes ‚Steuerkreuz‘ besitzt – inkl. abnehmbarer Joysticks wie zu damaligen Zeiten auch bei den Atari-Konsolen.

Der Controller selbst ist Standard des Master Systems, bleibt aber nicht die einzige Form für Spiele des 8-Bit Systems. Zwar entfernte SEGA den Joystick vom Controller, dafür können sich Spieler allerdings einen echten Joystick kaufen, der dann größer und natürlich besser verarbeitet daherkommt, als ein kleiner Stick auf solch einem kleinen Joypad. Damit sind Arcade-Spiele noch besser spielbar als je zuvor auf einer SEGA Heimkonsole.